バイオインフォマティクス解析支援案内

バイオインフォマティクス解析支援事業のご案内

金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設では、バイオインフォマティクス解析支援事業を行います。その他、目的に対してどのような解析が可能かあるいは行いたい解析の実現可能性についてなども任意に相談に応じますので、メールにて気軽に問い合わせていただければ幸いです。また、新学術領域「ゲノム支援」による大量シーケンス支援<https://www.genome-sci.jp/genome_aid/entry.php>等に応募する研究計画や科研費に応募する研究計画のアドバイスもいたします。

1. 次世代シーケンサーを用いた解析の研究計画策定

近年、様々な次世代シーケンサーが開発され大量データを比較的安価に生産する事が可能になっています。これにより、単なる配列解析にとどまらず、量的解析(遺伝子発現量、クロマチン修飾、転写因子の結合)を行う事が可能です。こうした環境下で効率的に研究を進めるには解析目的に応じた実験計画を設計する事が重要です。

2. 次世代シーケンサーを用いた解析の情報解析

外注・共同研究等で取得したデータの解析について、どう解析していいかわからないということでも、気軽にご相談ください。

3. 系統解析

近年、多くの生物のゲノムが解読され、また、複数のモデル生物での機能解析が進んでいます。従って、他の生物における相同遺伝子の機能、対象としている生物内に存在するパラログを含め、研究対象としている遺伝子の相同遺伝子との進化的関係を明らかにする事は、当該遺伝子を理解する上で重要な解析です。

4. シークエンス解析

ベクターとインサートの切り分け
アセンブリー
PCRエラーを含まないcDNAクローンである事を確認するため、cDNAをtransposon挿入ランダムシーケンシングや primer walkで読む場合等も、個々のシーケンスは通常エラーを含むので、適切なアセンブリーを行ってからゲノムあるいは他のクローンと比較するのが効率的である。シーケンシングストラテジから相談に応じます。
類似性検索
多数の配列の類似性検索(DDBJ/NCBIに送るのが手間になる/はばかられる様な本数)
ゲノムアノテーションにもとづく部分データセット(CDS, 3'UTR等)の抽出
未発表データセットに対するBLAST検索サーバの構築

5. その他

何でもご相談に応じます。

申し込み、問い合わせ先:
学際科学実験センター・遺伝子研究施設
西山 智明
TEL: 076-265-2777 FAX: 076-234-4537
E mail: tomoakin@staff.kanazawa-u.ac.jp